中国实验动物学会自1987年成立至今，已产生了七届理事会，原卫生部钱信忠部长任首届理事会理事长。中国医学科学院、北京协和医学院医学实验动物研究所所长秦川教授为现任理事长。第七届理事会共有理事117名，常务理事39名。
第一届（1987-1992） 理事长 钱信忠
秘书长 方喜业
第二届（1992-1997） 理事长 卢耀增
秘书长 徐新来 史顺娣
第三届（1997-2004） 理事长 刘海林
秘书长 方喜业
第四届（2004-2008） 理事长 刘 谦
秘书长 秦 川
第五届（2008-2012） 理事长 刘 谦
秘书长 秦 川
第六届（2013-2017） 理事长 秦 川
秘书长 赵宏旭
第七届（2017-2022） 理事长 秦 川
秘书长 赵宏旭
第七届理事会组成
理事长：
秦 川 中国医学科学院医学实验动物研究所
副理事长：(按姓氏拼音排列)
陈学进 上海交通大学医学院
黄 韧 广东省实验动物监测所
林东昕 中国医学科学院肿瘤医院
卢金星 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所
孙岩松 军事科学院军事医学研究院微生物流行病研究所
赵德明 中国农业大学
秘书长：赵宏旭
常务理事：(按姓氏拼音排列)
陈华 陈学进 陈振文 杜冠华 法云智 高常青 黄韧 贾敬敦 林东昕 刘恩岐 刘江宁 刘树锋 刘新民 刘云波 卢静 卢金星 鲁亮 吕龙宝 马华智 苗明三 庞万勇 彭小忠 秦川 瞿涤 曲连东 师长宏 孙德明 孙岩松 谭毅 田勇 王萧 王漪 王清勤 岳秉飞 曾代文 赵德明 赵宏旭 郑志红 朱德生
理事：(按姓氏拼音排列)
陈华 陈朝阳 陈学进 陈小野 陈振文 陈丙波 常在 陈民利 代解杰 杜冠华 法云智 付俊 范春 郭守立 耿志宏 顾为望 高飞 高常青 巩报贤 高苒 胡建武 黄韧 景志忠 贾敬敦 李庆林 冷静 刘建高 罗小泉 刘恩岐 吕龙宝 卢金星 李冠民 刘云波 刘江宁 刘新民 李凯彬 鲁亮 刘小虹 廖明阳 李奎 卢选成 赖良学 李文京 林东昕 刘树锋 卢静 鲁凤民 李红良 刘佳 吕素军 刘浩 苗明三 马华智 庞万勇 彭小忠 潘学营 潘兴华 秦川 曲连东 瞿涤 仇子龙 任文陟 荣蓉 施爱民 孙德明 孙岩松 师长宏 唐利军 谭毅 陶元清 谭树义 田勇 佟伟民 田克恭 王元占 王纯耀 王可洲 吴立仁 王建国 王漪 王清勤 王健伟 吴晨 王超 王春田 王萧 王树新 徐增年 许厚强 肖杭 夏咸柱 薛整风 薛婧 杨文 燕顺生 岳秉飞 游雪甫 尹海林 应华忠 恽时峰 郑和平 郑志红 曾代文 曾林 朱德生 杨志伟 赵德明 张俊祥 张永清 张倩 张晨 赵要风 张玫 张敏 张大维 赵宏旭 张华堂
中国实验动物学会下设36个分支机构，其中包括17个工作委员会和19个专业委员会，秘书处为学会办事机构，学会挂靠在中国医学科学院、北京协和医学院医学实验动物研究所。
